Chapter 6 Normalización de datos

Es necesario normalizar los datos asumiendo que la mayoria de los genes no se estan expresando diferencialmente. El objetivo es redudir la incidencia de falsos positivos.

# Construyo un objeto con el cual se podran normalizar los datos
library("edgeR")

## Loading required package: limma

## 
## Attaching package: 'limma'

## The following object is masked from 'package:BiocGenerics':
## 
##     plotMA

dge <- DGEList(
    counts = assay(rse_gene, "counts"),
    genes = rowData(rse_gene))
dge <- calcNormFactors(dge)

---